「沿岸海洋研究」は、沿岸の海に関する論文（原著論文、短報、総説、寄稿）を会員あるいは会員の推薦者から広く募集しています。報文はオンラインファースト（早期公開）で受理されたものからJ-Stageで公開し、その後「沿岸海洋研究」誌に掲載されます。「沿岸海洋研究」は一般の報文に加えて日本海洋学会研究発表大会時に開催する「沿岸海洋シンポジウム」のExtended Abstractsを加えて、年１冊（8月）発行しています。
本ジャーナル【沿岸海洋研究】への投稿には、投稿規定を設けています。原著論文・短報・総説は、編集委員および査読者による審査を経て、受理された論文が掲載されます。本ジャーナルは当会会員のみに郵送配布されます。過去の報文は直近2年間のもの以外はJ-Stageで一般公開しています。直近2年間の論文はJ-Stageにおいて会員のみに公開しています（閲覧・ダウンロードには購読者番号とパスワードが必要です）。